發酵工程培養基主要使用發酵培養基：

發酵培養基是指為了在生產中更加利于菌種代謝產物的生成而設計的培養基，這類培養基常見的主要有以下幾種：

SOB（Super Optimal Broth）培養基：是一種富營養培養基，其配方為：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4。與LB培養基相比，SOB培養基中含有兩倍多的蛋白胨，富含更多的氨基酸及多肽。此外，SOB培養基中含有鎂離子，鎂離子是高密度培養必須的離子。利用SOB培養基培養大腸桿菌在普通條件（250rpm）下搖瓶培養，菌濃可達到OD600 3-5左右，如果提高轉速到350rpm，OD600最高能夠達到10-15。此外，大腸桿菌在SOB培養基中具有更高的轉化效率，因此SOB培養基常被用來制備感受態細胞。

SOC（Super Optimal broth with Catabolite repression）培養基：在SOB的基礎上添加終濃度20Mm的葡萄糖即為SOC培養基，其配方為：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4，20mM葡萄糖。培養基中的葡萄糖充當分解代謝抑制物。一般來說，大腸桿菌傾向于以葡萄糖作為碳源，培養基中由于葡萄糖的存在，其它碳源的分解就會被抑制。由于葡萄糖的存在，乳糖不會被代謝，乳糖操縱子被抑制，外源基因不會發生表達，減少了外源基因表達給細胞生長帶來的壓力。因此，利用SOC培養基進行轉化反應時，熱激后細胞生長的速率會比LB培養基中高出很多。

2x YT （Yeast extract and Tryptone）培養基：是一種比LB培養基營養更為豐富的培養基，配方為：1.6% 胰蛋白胨,1% 酵母提取物,0.5% NaCl。與LB培養基成分相比，2x YT培養基中包含有更多的的酵母提取物和胰蛋白胨，營養更加豐富，細胞可以生長更長的時間，菌體濃度更高。2x YT培養基主要用來進行大腸桿菌以及像是M13這樣的細菌噬菌體的培養。

TB（Terrific Broth）培養基：是一種添加了磷酸鹽的復合型培養基，配方如下：2 % 胰蛋白胨,2.4%酵母提取物,72mM K2HPO4,17mM KH2PO4,0.4% glycerol。與LB培養基相比，TB培養基中除了多出20%的胰蛋白胨和380 %的酵母提取物以外，還多了 0.4%的甘油作為額外的碳源。這些元素能夠支持大腸桿菌在正常的搖瓶培養條件下達到更高的菌體密度，其OD600可達5–8。該培養基通常用于蛋白質表達和質粒提取。

SB （Super Broth）培養基：其配方為：3.2% 胰蛋白胨,2% 酵母提取物,0.5% NaCl。與LB培養基相比，SB培養基成分中多出了220%的胰蛋白胨和380%的酵母提取物。該培養基的蛋白胨和酵母提取物中包含的主要營養元素遠遠超過細胞生長達到飽和時所需的量。該培養基主要用于質粒以及蛋白質的提取。

M9培養培養基：低鹽(M9)培養基含有必需鹽和氮，傳統上由葡萄糖、氨基酸和維生素作為補充物。M9培養基適用于大腸桿菌菌株的非選擇性培養，用于克隆、生產DNA、質粒DNA和重組蛋白。如果添加適當的抗生素，它也適用于選擇性培養帶有抗生素抗性的菌株。

GYT培養基：是一種可以用于各種細菌培養的培養基,是分子生物學常規試劑，主要由胰蛋白陳、酵母提取物、甘油等組成。

MBL培養基：是一種以葡萄糖、蛋白胨、酵母粉、KH2PO4、KHPO4、(NH4)2HPO4、MgSO4為主要成分的發酵培養基。

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